El Museo de ballenas cuenta con restos y especímenes de 4 especies de ballenas grandes, 10 especies de delfines y ballenas dentadas, 3 especies de lobos marinos, y numerosas muestras de otros taxa marinos (aves, peces, mandíbulas de calamares, etc.), contenidos estomacales, parásitos, etc. No existe una colección similar dedicada a esta temática en el país.

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Debido a que la atención  de varamientos de mamíferos marinos es una actividad permanente para el personal voluntario del Museo de Ballenas, la colección continúa creciendo. Con cierta frecuencia personas ajenas al Museo donan especímenes o muestras que han recolectado.